La réponse immunitaire adaptative est conçue pour attaquer les agents non pathogènes. Cependant, elle peut parfois commettre des erreurs et s'attaquer aux propres tissus de l'organisme.
Lorsque cela se produit, des maladies auto-immunes peuvent se développer.
Exemples : lupus érythémateux systémique, polyarthrite rhumatoïde, sclérose en plaques.